There is some reference to this in French:
> Les droits d'enregistrement de Karajan n'étant pas disponibles, c'est la version de Karl Böhm, avec l'orchestre philharmonique de Vienne, qui fut créditée au générique. Mais au cours de la postproduction, Kubrick remplaça discrètement l'enregistrement de Böhm par celui de Karajan et personne ne le remarqua3.
https://fr.wikipedia.org/wiki/Ainsi_parlait_Zarathoustra_(St...